Gli uffici dell'Agenzia delle Entrate effettuano l'attività di controllo sulle dichiarazioni, finalizzata a verificare la correttezza dei dati in esse riportati. Il controllo sulle dichiarazioni può essere di due tipi, automatico o formale.

All'esito del controllo automatizzato, in caso di incongruenze o irregolarità rilevate, l'ufficio emette la comunicazione di irregolarità, nella quale evidenzia l'eventuale presenza di errori e permette al contribuente di pagare le somme indicate, con una riduzione delle sanzioni, oppure di precisare all'Agenzia le ragioni per cui ritiene infondati gli addebiti. Tale comunicazione viene normalmente chiamata "avviso bonario" e viene emessa ai sensi dell'art. 36-bis D.P.R. n. 600/1973, per quanto attiene le imposte dirette e dell'art. 54-bis, D.P.R. n. 633/1972 per quanto attiene l'IVA.