Diversamente dalle imposte dirette e dall'IVA, per le quali la base imponibile è determinata dal prezzo/corrispettivo pattuito tra le parti, nella disciplina dell'imposta di registro, la base imponibile si determina, in linea generale, con riferimento al valore dei beni e diritti, salvo nel caso degli immobili, per i quali il valore è quello venale "in comune commercio", determinato secondo i criteri stabiliti dal comma 3, art. 51, D.P.R. n. 131/86, ma che rimane un concetto indefinito suscettibile di generare un ingente contenzioso.

Tutti i controlli e gli accertamenti dell'Ufficio in materia di imposta di registro sugli immobili, tranne i casi (ormai residuali) in cui si rendono applicabili i meccanismi valutativi automatici basati sulla rendita catastale o sulla disciplina del cd. prezzo-valore (anch'essa limitata oggettivamente e soggettivamente), mirano a contestare la congruenza del prezzo/corrispettivo pattuito tra le parti mediante la ricerca di valori venali in comune commercio parametrati secondo i criteri stabiliti dal legislatore del 1986 che, mancanti di una valenza presuntiva, costituiscono meri indizi e continuano a generare contenzioso. Tuttavia, a partire dal 2006, a seguito dell'evoluzione della disciplina in materia di imposta di registro sia da un punto di vista sostanziale che procedimentale dei poteri e dei limiti dell'accertamento da parte del Fisco, e verificato che oggi è sempre più difficile occultare il corrispettivo e sempre più facile accertarlo, non vi sarebbe più motivo di distinguere tra prezzo e valore venale a cui fare riferimento per la determinazione della base imponibile, in quanto il valore venale (normale) dovrebbe tendenzialmente corrispondere al prezzo vero.