L'Agenzia delle Entrate, nell'ambito dell'ordinaria attività di controllo, procede, in base a criteri selettivi e tenendo anche conto della capacità operativa degli uffici, alla verifica documentale della sussistenza dei presupposti che danno diritto alla detrazione, in virtù del credito d'imposta maturato, nei termini di cui all'art. 43, D.P.R. n. 600/1973 e all'art. 27, commi da 16 a 20, D.L. n. 185/2008, convertito, con modificazioni, dalla Legge n. 2/2009. Ai fini del controllo, si applicano, nei confronti dei soggetti che esercitano l'opzione, le attribuzioni e i poteri previsti dagli artt. 31 e seguenti, D.P.R. n. 600/1973. Qualora sia accertata la mancata sussistenza, anche parziale, dei requisiti che danno diritto alla detrazione d'imposta, l'Agenzia delle Entrate provvede al recupero dell'importo corrispondente alla detrazione non spettante nei confronti del soggetto che ha esercitato l'opzione, maggiorato degli interessi (di cui all'art. 20, D.P.R. n. 602/1973, e delle sanzioni di cui all'art. 13, D.Lgs. n. 471/1997).

I fornitori e i soggetti cessionari rispondono solo per l'eventuale utilizzo del credito d'imposta in modo irregolare o in misura maggiore rispetto al credito d'imposta ricevuto. Le violazioni meramente formali, se non arrecano pregiudizio all'esercizio delle azioni di controllo, non implicano la decadenza delle agevolazioni fiscali limitatamente alla irregolarità od omissione riscontrata. Se le violazioni riscontrate nell'ambito dei controlli da parte delle autorità competenti sono rilevanti per l'erogazione degli incentivi, la decadenza dal beneficio si applica limitatamente al singolo intervento oggetto di irregolarità od omissione.